В связи с окончанием строительства, вводом в постоянную эксплуатацию линии Акмолинск — Карталы,
был издан приказ Наркомата путей сообщения № 366 Ц от 06 мая 1943 года: Организовать и установить с 15 мая 1943 года на линии Акмолинск — Карталы следующие административно — хозяйственные единицы — вагонный участок в границах Есиль — Карталы , с местонахождением административного аппарата на станции Кушмурун.
Вагоноремонтный пункт разместился в бывшем здании локомотивного депо, в неприспособленных деревянных помещениях каркасно — засыпного типа. В первые же дни коллектив встретился со многими трудностями. В сборочном цехе производили средний ремонт вагонов, а годовой и текущий ремонт на открытом воздухе, строились временные помещения или размещались в списанных двухосных вагончиках. Началось строительство вагонного депо. В 1967 году был введен в эксплуатацию пункт технического обслуживания вагонов станции Майлина.В 1971 году построен бытовой корпус, затем цех оборудования, теплица. В 1974 году построено здание пункта технического обслуживания вагонов станции Тобол, в 1989 году здание четного парка пункта техничсекого обслуживания вагонов станции Тобол, колесно-роликовый цех для ремонта колесных пар с роликовыми подшипниками в Кушмуруне. В 1986 году вагонное депо начало специализироваться на ремонте крытых вагонов с повышенным объемом кузовных работ. В 1987 году коллектив своими силами организовал строительство нового цеха типа «Ангар». Произвели ряд реконструкций для организации нового вида ремонта в подсобно-механическом, колесно-роликовом цехах. Внедряется новая техника, прогрессивная технология, заменяется устаревшее оборудование на новое, современное. Не снижает темпы строительство новых жилых домов хозяйственным способом, зданий и котельной, грязелечебницы. В июле 1999 года вышел приказ № 345 — Ц «О присоединении границ гарантийных участков» и в Кушмурунское вагонное депо присоединились участки: Есиль, Атбасар, Аркалык, Железорудная, Кустанай. С 1 декабря 2000 года согласно приказу № 524 — Ц от 08.03.2000 года Генерального директора РГП «Қазақстан темiр жолы» произошло отделение ремонтных цехов депо от эксплуатационной деятельности. На базе ремонтных цехов было организовано ТОО «Жардем −2030». В апреле 2001 года аппарат управления Кушмурунского вагонного депо был передислоцирован на станцию Кустанай. С октября 2001 года переименовано в Костанайское эксплуатационное вагонное депо. В целях обеспечения безопасности движения поездов проделана большая работа по переносу и открытию пунктов текущего отцепочного ремонта вагонов на станциях Костанай, Железорудная, Есиль. Для выявления вагонов с неисправностями, угрожающими безопасности движения, возобновлена работа контрольных постов Сурган, Апановка, Кайрак, Притобольская. Открылись контрольные посты Коскуль, Озерная, Шоккарагай. В связи с открытием в 2004 году новой железнодорожной линии Хромтау — Алтынсарин протяженность обслуживания увеличилась на 276 километров. В состав депо вошли пункт технического обслуживания вагонов станции Арка, пункты контрольно-технического обслуживания вагонов Айке, Алтынсарина, контрольные посты Талдыколь, Кызылсай. В коллективе Костанайского эксплуатационного вагонного депо по состоянию на 01.03.2010 года трудится 1051 работников, которые обслуживают участок протяженностью 1326 км, длина гарантийных плеч 3409 км, в состав которого входят 8 пунктов технического обслуживания вагонов, 21 контрольных постов, 2 контрольных пунктов технического обслуживания вагонов, автоконтрольный пункт на станции Кушмурун, 2 пункта подготовки вагонов под погрузку.
